这三代红旗-16性能逐步提升，最突出的提升就是抗饱和打击能力和射程。此前巴基斯坦陆军已经从中国引进了红旗-16B防空导弹的出口型猎鹰-80，巴基斯坦海军054A/P型护卫舰也配备了猎鹰-80N舰空导弹，前者最大射程都在70公里左右，后者只有40公里。尽管保留了红旗-16的编号，但是红旗16FE防空系统的配套导弹则是全新设计的，性能得到大幅度增强，已经升级为中远程防空反导系统。

红旗-16FE导弹最大特点就是射程远，按照珠海航展公开的资料，红旗-16FE对于空气动力目标最大射程为160公里。需要指出的是这个指标还只是出口型数据，有人认为红旗16F自用型射程肯定会更远，极有可能达到或者接近200公里。即便160公里这个指标也超过了爱国者3，以及S-300系列中大部分的导弹，也超过了国产红旗-9防空导弹的早期型号。巴基斯坦此前从中国引进了类似红旗-9A防空导弹的FD-2000防空系统，它的最大射程大约在125公里左右。

红旗-16FE导弹不但射程远，飞行速度还非常快。导弹进行了全新设计，取消了原本的矩形边条翼，大幅度缩小了尾翼，采用了光杆弹体。光杆弹体是高速导弹最明显的标志，因为导弹速度越快，弹体对于升力贡献越大，弹翼越小，但是弹翼造成的阻力却没有减少，反而影响会影响导弹第射程和机动性能，所以高速导弹普遍采用了无弹翼布局。

导弹速度越快，抵达预定拦截点时间越短，对方反应时间就越有限，拦截概率就会更高。印度从以色列引进的巴拉克-8防空导弹号称最大射程达到80-100公里，但是平均速度只有2马赫，抵达预定拦截点时间太长，因此在面对超音速目标时，实际有效射程急剧缩小到40公里左右。